DI Pandjaitan bertugas di Riau sampai dengan Indonesia merdeka, saat itu ia bersama-sama dengan pemuda lain membentuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR).
TKR ini adalah cikal bakal dari TNI, DI Pandjaitan ditugaskan menjadi komandan batalyon, lalu tahun 1948 menjadi Komandan Pendidikan Divisi IX/Banteng di Bukittinggi.
Karirnya terus meningkat, ia menjadi Kepala Staf Umum IV (Supplay) Komandemen Tentara Sumatera.
Baca Juga: 7 Pahlawan Revolusi Korban Peristiwa G30S PKI yang Wajib Kamu Ketahui
Saat Agresi Militer Belanda ke-2, DI Pandjaitan diangkat menjadi Pimpinan Perbekalan Perjuangan Pemerintah Darurat Republik Indonesia (PDRI).
Setelah Agresi Militer Belanda kedua, Indoensia mendapatkan pengakuan dan kedaulatannya, kemudian DI Pandjaitan diangkat menjadi Kepala Staf Operasi Tentara dan Teritorium (T&T) I Bukit Barisan di Medan.
DI Pandjaitan selanjutnya dipindahkan ke Palembang menjadi Kepala Staf T & T II/Sriwijaya.
Perjalanan pendidikan dan karir DI Pandjaitan terbilang panjang, ia menempuh pendidikan di luar negeri beberapa kali.
Tercatat DI Pandjaitan pernah sebagai Atase Militer RI di Bonn, Jerman Barat, kemudian pendidikan di Associated Command and General Staff College, Amerika Serikat.