Pada tahun 1955 setelah menyelesaikan gymnasium di Kolese Yesuit di St. Blasien 1955, ia masuk Ordo Serikat Yesus (Yesuit).
Setelah menyelesaikan studi filsafatnya di Pullach, pada tahun 1961 Franz Magnis memutuskan untuk pindah ke Indonesia.
Romo Franz Magnis Suseno masuk dan menetap di Indonesia
Tujuannya pindah ke Indonesia karena ia ingin belajar bahasa Jawa dan bahasa Indonesia di Girisonta, Jawa Tengah.
Di Indonesia sejak 1969 ia telah menjadi dosen tetap dan guru besar emeritus Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara di Jakarta yang memberi kuliah tentang etika dan filsafat politik.
Tak hanya itu Romo Franz Magnis Suseno juga berhasil menduduki jajaran eksekutif di Sekola Tinggi Filsafat Diryakarya sebagai sekretaris.
Baca Juga: Profil Biodata Laura Basuki Pemeran Natalie di Film Cek Toko Sebelah 2: Umur, Tinggi hingga Prestasi
Ilmu filsafat, teologi dan teori politik ia pelajari di Pullach, München dan Yogyakarta, saat mengambil gelar doktorat dalam filsafat 1973 ia peroleh dari Universitas München dan dipromosikan dengan disertasi tentang Karl Marx.
Mulai tahun 1975 ia mengajar di Universitas Indonesia dan kemudian di Universitas Katolik Parahyangan, Bandung selama sembilan tahun.